Mehiläishoitajat siirtävät pesiä yleensä myöhään illalla tai yöllä. Pesän voi laittaa kuljetuskuntoon jo päivällä ja sulkea lentoaukon vasta lentomehiläistenkin kotiuduttua iltasella. Pitkiäkin kuljetuksia voidaan tehdä myös päivällä, jos varmistetaan riittävä tuuletus pesissä.
Mehiläispesien siirtotoimet aloitetaan kunnostamalla uuden tarhan paikka. Maanpinta tasataan, jotta pesän jalusta saadaan asetettua mahdollisimman suoraan ja tukevasti.
Kuljetuksen aikana pesät eivät saa lämmetä liikaa, muuten kennot sulavat ja romahtavat mehiläisten päälle. Jos pesässä on verkkopohja, se pidetään auki. Lentoaukon voi sulkea vaahtomuovisuikaleella. Lisäksi pesä suljetaan päältä noin pari senttiä korkealla kehyksellä, johon on kiinnitetty kärpäsverkko. Sen paikallaan pysyminen varmistetaan kuormaliinalla. Kantta pesään ei kuljetuksen ajaksi laiteta. Jos pesiä ladotaan kuljetuksen ajaksi päällekkäin, on väliin jätettävä reilun viiden sentin rako välikapuloiden avulla.
Pesän kuumenemisen huomaa siitä, että kaikki mehiläiset pakkaantuvat kiinni yläverkkoon. Mehiläisiä voi matkan aikana kastella sumuttamalla 0,5 litraa vettä verkon läpi noin tunnin välein. Sillä saadaan kuumenevaa pesää viilennettyä.
Pesät on sidottava huolellisesti kuormaliinoilla kuljetuksen ajaksi.